همکاران سیستم ۵۴ شرکت زیرمجموعه دارد که شامل ۶ شرکت تخصصی، ۲۵ شرکت منطقه‌ای و ۲۳ شرکت تحت لیسانس است. این شرکت‌ها حوزه فعالیت همکاران سیستم را همگام با فناوری روز توسعه داده و سراسر کشور را زیر پوشش محصولات و خدمات ما قرار می‌دهند.

شرکت‌های تخصصی با فعالیت‌های خود در حوزه‌های مختلف، همکاران سیستم را در ارائه بهترین محصولات و خدمات بر اساس تازه‌ترین فناوری‌ها یاری می‌کنند.

شرکت‌های منطقه‌ای که با نام اختصاری «پناه» شناخته می‌شوند، مسئولیت بازاریابی، فروش، نصب و راه‌اندازی، پشتیبانی و آموزش نرم‌افزارهای همکاران سیستم را در تهران و شهرستان‌ها بر عهده دارند. ۴ پناه تهران به صورت تخصصی و صنعت محور فعالیت می‌کنند و ۲۱ پناه استانی محصولات و خدمات همکاران سیستم را به مشتریان ما در سراسر کشور ارائه می‌کنند.

شرکت‌های تحت لیسانس همکاران سیستم شرکای تجاری ما هستند که کار فروش، استقرار و پیاده سازی محصولات همکاران سیستم را در تهران بر اساس استانداردهای کیفی ما انجام می‌دهند. این شرکت‌ها توسط متخصصان با تجربه و با سابقه‌‌ی همکاران سیستم تأسیس شده‌اند و مجموعه‌ای از نیروهای انسانی ماهر در زمینه‌ی فروش و استقرار سیستم‌های نرم‌افزاری ما را در خود جای داده‌اند.