هیئت مدیره همکاران سیستم پنج عضو اصلی و یک عضو علی‌البدل دارد. بر اساس آخرین جلسه مجمع عمومی این شرکت در تاریخ ۲۸ خرداد ماه ۱۳۹۰ این هیئت نسبت به سال قبل تغییری نداشته است.

محمود نظاری هم اکنون ریاست هیئت مدیره همکاران سیستم را برعهده دارد، همایون حریری نایب رییس هیئت مدیره است. مهدی انصاریان عضو هیئت مدیره و قائم‌مقام مدیرعامل است. اسماعیل کمالی روستا عضو هیئت‌مدیره و مدیر ستاد مراقبت از مشتری است. فرید فولادی عضو هیئت مدیره و مدیر محصول است و مهدی امیری مدیر تولید و عضو علی‌البدل هیئت مدیره است.

شهریار رحیمی نیز به عنوان مدیرعامل مسئولیت اجرای اهداف و برنامه‌های شرکت را بر عهده دارد.

اعضای هیئت مدیره همکاران سیستم برای یک دوره یک ساله توسط مجمع عمومی انتخاب می‌شوند.